Až do roku 2020 boli cirkvi a náboženské spoločnosti na Slovensku financované na základe úpravy platnej od roku 1949. Na základe novelizácie zákona sa v roku 2020 zmenila výška príspevku, ako aj jeho použitie. Vypočítaval sa zo sumy z predchádzajúceho roka zvýšenej o valorizáciu, ktorá bola z 20 % naviazaná na medziročný rast inflácie a z 80 % na valorizáciu platových taríf zamestnancov vo verejnej správe. Rezort kultúry postupoval podľa zistení z kontroly pri výpočte a poskytovaní príspevku štátu v súlade so zákonom. Mesačné príspevky boli poskytované v zákonom stanovenej výške a termíne. Vyše 97 % z príspevkov bolo použitých na platy. Platy duchovných sú hradené nielen z príspevku štátu, alebo aj vlastných zdrojov.

Slovensko patrí ku krajinám, ktoré registrované cirkvi a náboženské spoločnosti podporuje prostredníctvom štátneho príspevku. Obdobný model je napríklad v Belgicku, Grécku či niektorých švajčiarskych kantónoch. V Európe fungujú aj modely založené na financovaní cez cirkevnú daň, daňovú asignáciu či cez majetkové výnosy, ako je to vo Vatikáne či Veľkej Británii. Podmienky registrácie cirkví sú na Slovensku upravené v zákone o slobode náboženskej viery. Štrnásť subjektov získalo registráciu na základe zákona o slobode náboženskej viery z roku 1991, a to vďaka ich činnosti už pred prijatím novej právnej normy. Za ostatné tri desaťročia boli zaregistrované len štyri cirkvi a náboženské spoločnosti, posledná v roku 2007. Od roku 2017 platí podmienka, že novú cirkev či spoločenstvo možno registrovať, keď sa k nemu hlási minimálne 50-tisíc plnoletých občanov.

Zmenu výšky príspevku pri zvýšení alebo poklese počtu veriacich o viac ako 10 % zistených pri sčítaní obyvateľov upravuje zákon o finančnej podpore činnosti cirkví. Počet ľudí, ktorí sa prihlásili k nejakej cirkvi či náboženskej spoločnosti poberajúcej príspevok, poklesol pri poslednom sčítaní v roku 2021 v porovnaní s predchádzajúcim sčítaním v roku 2011 o 8,48 %, k žiadnej úprave príspevku preto neprišlo. Pri porovnaní údajov zo sčítania obyvateľov v roku 2021 a 2001, teda v priebehu 20 rokov, bol zaznamenaný pokles počtu veriacich v 14 cirkvách a náboženských spoločnostiach poberajúcich príspevok štátu o 17,4 %. 

Kontrolóri sa pozreli aj na evidenciu cirkevných právnických osôb na rezorte kultúry, ktorá je vedená vo viacerých excelových a wordových súboroch. V dnešnej elektronickej dobe je to zastaraný spôsob vedenia informácií o 3 000 subjektoch a úkonoch s nimi súvisiacich. Najvyšší kontrolný úrad SR preto odporúča Ministerstvu kultúry SR vytvoriť pre cirkevný odbor užívateľsky prívetivé softvérové prostredie s cieľom zníženia administratívnej záťaže, optimalizácie, zefektívnenia a zjednotenia procesu evidencie cirkevných právnických osôb. 

Štát podporuje cirkvi a náboženské spoločnosti aj poskytovaním účelových dotácií podľa osobitných zákonov. Rezort kultúry napríklad poskytuje dotácie v rámci dotačného programu Obnovme si svoj dom, ktorý je určený na rekonštrukciu pamiatok na Slovensku. O príspevok môžu požiadať vlastníci aj správcovia národnej kultúrnej pamiatky. Pamiatkový úrad SR eviduje približne 10-tisíc nehnuteľných a 16-tisíc hnuteľných národných kultúrnych pamiatok, v majetku cirkví je okolo 26 %. V rokoch 2019 - 2023 boli cirkvám a náboženským spoločnostiam poskytnuté z kapitoly Ministerstva kultúry SR účelové dotácie na obnovu pamiatok vo výške viac ako 26 mil. eur. 

Ďalšou formou podpory cirkví a náboženských spoločností sú oslobodenia a úľavy na daniach a poplatkoch podľa osobitných predpisov. Napríklad podľa zákona o dani z príjmov sú od dane oslobodené výnosy z kostolných zbierok, cirkevných úkonov a príspevky plynúce registrovaným cirkvám a náboženským spoločnostiam. Podľa zákona o miestnych daniach a miestnom poplatku za komunálne odpady a drobné stavebné odpady sú od dane z nehnuteľností oslobodené pozemky a stavby alebo ich časti vo vlastníctve cirkví, ktoré slúžia na vzdelávanie, na vedeckovýskumné účely alebo na vykonávanie náboženských obradov. Vlastnými zdrojmi financovania cirkví a náboženských spoločností sú členské cirkevné príspevky, dary, kostolné zbierky, výnosy z verejných zbierok, výnosy z vlastného majetku či z vlastnej činnosti. 

Správa o výsledku kontroly (.pdf, 643 kB) Financovanie cirkví a náboženských spoločností z kapitoly Ministerstva kultúry Slovenskej republiky