Už v roku 1761 cisárovná Mária-Terézia zriadila Účtovnú komoru (die Rechen-Cammer). Bol to orgán s pomerne širokými právomocami nielen v oblasti kontroly účtov, ale aj samotného riadenia účtovníctva. Jeho osobitnou črtou bolo tzv. právo preventívnej kontroly - vo všetkých dôležitých finančných záležitostiach tento úrad vypracovával dobrozdanie s odkladným účinkom až do rozhodnutia cisárovnej.
Po viacerých zmenách v kompetenčnej vybavenosti tohto orgánu, a dokonca aj dočasnej strate jeho nezávislosti v rokoch 1773-74, v roku 1782 cisár Jozef II. podriaďuje účtovníctvo a kontrolu tzv. Dvornej účtovnej komore (der Hofrechenkammer). V ďalších desaťročiach kontrola prechádza viacerými transformáciami, až v roku 1866 vzniká nový kontrolný orgán - Najvyšší účtovný dvor (der Oberste Rechnungshof).
Úrad bol podriadený priamo cisárovi a "ministerstvám rovnocenný". Došlo k podstatnému rozšíreniu a prehĺbeniu kontrolných kompetencií tohto úradu. Kontrola sa v ďalšom nemá zameriavať len na číselnú správnosť predložených účtov, ale v prvom rade na kontrolu hospodárnosti nakladania s majetkom štátu. V tejto podobe úrad existoval v priebehu celého ďalšieho trvania monarchie až do roku 1918, a to pre jej rakúsku časť. Pre Uhorsko bol po rakúsko-uhorskom vyrovnaní účtovný dvor s obdobnými kompetenciami zriadený v roku 1870.
Za prvej republiky
Po vzniku Československa v roku 1918 bol "k dozoru na štátne hospodárstvo, štátny majetok a štátny dlh" zákonom č.175 z 20. marca 1919 zriadený Najvyšší účtovný kontrolný úrad.
V zákone bol charakterizovaný ako "ministerstvám rovnocenný a na nich nezávislý". K jeho ústavnému zakotveniu prišlo až v roku 1920 v prvej ústave ČSR (ústavný zákon č.121 zo 6. marca 1920). Úrad bol organizovaný na monokratickom princípe. Jeho predsedu na návrh vlády menoval prezident republiky. Za pôsobnosť úradu bol zodpovedný Národnému zhromaždeniu.
Úrad zostavoval každoročne záverečný účet všetkých štátnych príjmov a výdavkov. Bol povinný starať sa aj o to, "aby štátne účtovníctvo bolo čo najjednoduchšie a najvýhodnejšie a zriadené tak, aby umožnilo ľahkú a úplnú kontrolu". Úrad bol ďalej oprávnený kontrolovať "také zariadenia, ktoré prijímajú podporu od štátu".
Po vzniku samostatného slovenského štátu bol na Slovensku zákonom č. 186/1939 Sl. z. zriadený Najvyšší kontrolný úrad a neskôr v roku 1942 ústavným zákonom č. 110/1942 Sl. z. Najvyšší kontrolný dvor. Tento kontrolný orgán dozeral na hospodárenie štátnych úradov, podnikov, ústavov, fondov a zariadení, ako i na štátny majetok, štátne účtovníctvo a štátny dlh.
Zmeny po II. svetovej vojne
Po skončení 2. svetovej vojny v roku 1945 a zániku Slovenskej republiky pôsobili na našom území súčasne Najvyšší účtovný kontrolný úrad so sídlom v Prahe a Najvyšší kontrolný dvor v Bratislave. V priebehu rokov 1945 a 1946 boli postupne upravené vzťahy týchto úradov. Predseda Najvyššieho kontrolného dvora bol podriadený predsedovi Najvyššieho účtovného kontrolného úradu a bol súčasne jeho zástupcom na Slovensku. Vo veciach pôsobnosti Slovenskej národnej rady bol zodpovedný tiež tomuto orgánu.
V roku 1951 boli tieto kontrolné inštitúcie zrušené a ako nový kontrolný orgán vzniklo Ministerstvo štátnej kontroly. Podriadenosť vláde pretrváva i v ďalších rokoch, keď ministerstvo mení viackrát názov a pretransformováva sa na orgán ľudovej kontroly. V dôsledku demokratizačných procesov v roku 1968 zákonom č.85/1968 Zb. Ústredná komisia ľudovej kontroly sa stáva orgánom Národného zhromaždenia. Na Slovensku Komisia ľudovej kontroly SNR sa stáva kontrolným orgánom Slovenskej národnej rady a oblastným orgánom Ústrednej komisie ľudovej kontroly.
Ústavným zákonom č.143 z 27.10.1968 o Československej federácií bolo umožnené národným radám oboch republík zriaďovať zákonom kontrolný orgán národnej rady. SNR realizovala ustanovenie čl.107 ods.1 písm. ch/ citovaného ústavného zákona a zákonom č.70 zo dňa 10. 6. 1969 zriadila ako kontrolný orgán SNR Najvyšší kontrolný úrad SSR.
Do pôsobnosti tohto orgánu patrilo preverovať tvorbu a použitie prostriedkov štátneho rozpočtu republiky, preverovať štátny záverečný účet republiky a predkladať Slovenskej národnej rade stanovisko k nemu, kontrolovať hospodárenie s hmotnými a ostatnými prostriedkami republiky a kontrolovať stav a úroveň vybavovania sťažností, oznámení a podnetov občanov a závažnejšie z nich prešetrovať.
Trvanie tohto úradu však bolo krátke. Koncom roka 1970 (zákon SNR č.150 z 28. 12. 1970) bol úrad zrušený a bola zriadená sústava orgánov ľudovej kontroly. Vrcholné orgány ľudovej kontroly boli v štáte (Výbor ľudovej kontroly ČSSR) a v oboch republikách (na Slovensku Výbor ľudovej kontroly SSR) podriadené príslušným vládam. Tieto sa v roku 1990 transformovali na ministerstvá kontroly.
Ministerstvo kontroly SR existovalo od roku 1990 do r.1992. Po jeho zrušení sa v roku 1992 ústredným orgánom štátnej správy pre štátnu kontrolu s výnimkou kontroly hospodárenia s rozpočtovými prostriedkami SR a pre vybavovanie sťažností, oznámení, podnetov a petícií stal Úrad vlády SR (uvedené kompetencie boli medzičasom upravené, nie je to však predmetom tohoto článku). Tento úrad v roku 1992 realizoval taktiež prípravu návrhu zákona o NKÚ SR.
Ústava Slovenskej republiky č. 460/1992 Zb. bola prijatá 1. septembra 1992. V tretej hlave, druhom oddiele v čl. 60 až 63 je upravené postavenie Najvyššieho kontrolného úradu Slovenskej republiky (NKÚ SR), v rámci ktorých je daná okrem iného jeho kontrolná pôsobnosť. Od 15. 2. 1993 nadobudol účinnosť zákon č. 39/1993 Z. z., ktorý detailne upravuje postavenie, pôsobnosť, vnútorné organizačné členenie a základné pravidlá kontrolnej činnosti NKÚ SR.
Posilnenie kontrol na oblasť samospráv
Najvýznamnejšou zmenou rozširujúcou kontrolnú pôsobnosť NKÚ SR aj na verejné prostriedky doteraz vyňaté z pôsobnosti úradu, bola novela Ústavy Slovenskej republiky, ktorá s účinnosťou od 1. 1. 2006 okrem iného významne posilnila kontrolnú pôsobnosť NKÚ SR aj na oblasť samosprávy.
Kontrolné úrady takéhoto typu, vykonávajúce svoju činnosť nezávisle od exekutívy, sa postupne vyvinuli a pôsobia prakticky vo všetkých krajinách s demokratickými pomermi. S ohľadom na to, že viac ako štyri desaťročia (s výnimkou krátkeho obdobia v druhej polovici šesťdesiatych rokov) takýto úrad u nás neexistoval, je potrebné uskutočniť krátku exkurziu z pohľadu histórie NKÚ SR.