d) sekcia kontroly európskych fondov, ktorá:

• vykonáva kontrolu finančných prostriedkov poskytnutých európskymi spoločenstvami, ako aj ostatných prostriedkov zo zahraničia poskytnutých na financovanie projektov na základe medzinárodných zmlúv,
• plní úlohy a má zodpovednosť orgánu vydávajúceho vyhlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov a plní úlohy a má zodpovednosť orgánu vydávajúceho vyhlásenia o ukončení projektu a pomoci z kohézneho fondu pre programové obdobie 2004-2006.

Sekcia ekonomiky a informatiky:

• v rozsahu svojej pôsobnosti zabezpečuje na základe poverenia predsedu úradu úlohy spojené s odborným, organizačným a technickým zabezpečením činnosti úradu,
• zabezpečuje hospodárenie s finančnými prostriedkami v rozpočtovej kapitole úradu v zmysle platných právnych predpisov,
• zodpovedá za hospodárenie s hmotným a nehmotným investičným majetkom a drobným hmotným majetkom úradu, vrátane verejného obstarávania,
• v rámci svojej pôsobnosti schvaľuje finančné operácie úradu,
• zabezpečuje ďalšie činnosti prostredníctvom odborných útvarov.

Sekciu ekonomiky a informatiky tvorí:

• odbor ekonomiky a prevádzky
• odbor informatiky

Sekcia stratégie:

• v rámci svojej pôsobnosti zabezpečuje na základe poverenia predsedu úlohy spojené s koncepciou a stratégiou  úradu,
• zabezpečuje metodiku úradu súvisiacu s kontrolnou činnosťou úradu,
• zabezpečuje a koordinuje medzinárodnú spoluprácu v rámci EUROSAI a INTOSAI,
• zabezpečuje rozvoj úradu.

Sekcia stratégie sa člení na:

• odbor metodiky a práva
• odbor medzinárodných vzťahov.