Najvyšší kontrolný úrad SR získal rozšírenú kontrolnú pôsobnosť voči územnej samospráve na základe zákona č. 261/2006 Z.z., ktorým sa mení a dopĺňa zákon o Najvyššom kontrolnom úrade SR s účinnosťou od 13. mája 2006, ktorý nadväzoval na novelu Ústavy Slovenskej republiky z roku 2005. V roku 2006 začal NKÚ SR s výkonom kontrol v oblasti územnej samosprávy a v roku 2007 pokračoval, v súlade so zákonom o NKÚ SR a koncepciou a stratégiou rozvoja NKÚ SR na roky 2007 – 2012, v rozvíjaní kontrolnej činnosti v oblasti územnej samosprávy zameranej na hospodárenie s majetkom, majetkovými právami, finančnými prostriedkami, záväzkami a pohľadávkami obcí a samosprávnych krajov, právnických osôb s majetkovou účasťou obcí a samosprávnych krajov, právnických osôb založených obcami alebo samosprávnymi krajmi.
Poslaním NKÚ SR je vybudovať taký systém kontroly samosprávy, ktorého realizáciou bude zabezpečený potrebný rozsah, počet, periodicita a typy kontrol pre získanie dostatočného obrazu o stave dodržiavania všeobecne záväzných právnych predpisov, hospodárnosti, účinnosti a efektívnosti v samospráve.
Potreba takéhoto systému vyplýva aj z toho, že kontrolovaných subjektov v samospráve je viac ako 7 000 a pri limitovanej kontrolnej kapacite je nutné stanoviť taký kontrolný rámec aby všetky subjekty kontrolovateľné NKÚ SR mohli predpokladať, že úrad je pripravený v určitom čase vykonať kontrolu v ich organizácii.
NKÚ SR okrem už existujúcich regionálnych pracovísk úradu – expozitúr v Banskej Bystrici a Košiciach vytvoril v roku 2006 expozitúru v Bratislave a Nitre a v roku 2007 zriadil ďalšie expozitúry v sídlach krajských miest Trenčín, Žilina a Prešov, s cieľom priblížiť výkon kontroly kontrolovaným subjektom a zhospodárnenia kontroly. Úrad následne prešiel na systém „expozitúra v každom kraji" a z tohto dôvodu zriadil k 1. januáru 2009 poslednú expozitúru NKÚ SR v Trnave.
V pôsobnosti expozitúr úradu v príslušnom regióne je kontrola hospodárenia, najmä:
- s prostriedkami rozpočtov, ktoré podľa zákona schvaľuje NR SR alebo vláda,
- majetkom, majetkovými právami, finančnými prostriedkami, záväzkami a pohľadávkami štátu, obcí, vyšších
- územných celkov, právnických osôb s majetkovou účasťou štátu, právnických osôb s majetkovou účasťou obcí,
- právnických osôb s majetkovou účasťou vyšších územných celkov, právnických osôb zriadených obcami alebo
- právnických osôb zriadených vyššími územnými celkami.
Kontrolná pôsobnosť expozitúr úradu v príslušnom regióne sa vzťahuje najmä na:
- obce a vyššie územné celky, právnické osoby zriadené obcami, právnické osoby zriadené vyššími územnými celkami, právnické osoby s majetkovou účasťou obcí a právnické osoby s majetkovou účasťou vyšších územných celkov,
- štátne orgány a orgány štátnej správy, ktoré sú v gescii príslušnej sekcie.
Kontrolná pôsobnosť Expozitúry Banská Bystrica sa vzťahuje okrem vyššie uvedenej aj na kapitolu Úrad priemyselného vlastníctva SR a Expozitúra Košice kontroluje aj kapitolu Ústavný súd SR.
Expozitúra Košice je spravidla gestorom kontrolnej činnosti vykonávanej expozitúrami úradu a metodicky riadi výkon kontroly v rozsahu kontrolnej pôsobnosti.
Expozitúry úradu úzko spolupracujú pri tvorbe plánu kontrolnej činnosti navzájom ako i s kontrolnými sekciami úradu a vypracúvajú stanovisko k návrhu štátneho rozpočtu SR vo vzťahu k rozpočtu verejnej správy a k návrhu štátneho záverečného účtu SR za kapitolu Ústavný súd SR, za Úrad priemyselného vlastníctva SR a za obce a vyššie územné celky v ich územnej pôsobnosti ako podkladový materiál na vypracovanie príslušných stanovísk za úrad.
