- implementačné smernice
- štandardy pre finančnú kontrolu (ISSAI 1000 – 2999)
- štandardy pre výkonnostnú kontrolu (ISSAI 3000 – 3999)
- štandardy pre kontrolu súladu (ISSAI 4000 – 4999)
- špecifické smernice (ISSAI 5000 – 5999)
- smernice vzorovej verejnej správy (INTOSAI GOV 9100 - 9299)
NKÚ SR vykonáva kontrolnú činnosť na základe plánu kontrolnej činnosti na príslušný rok. Plán kontrolnej činnosti na príslušný rok vychádza z trojročného plánu kontrolnej činnosti NKÚ SR, v ktorom sú stanovené strategické ciele a zámery kontrolnej činnosti na obdobie troch rokov. NKÚ SR je okrem toho povinný vykonať kontroly, o ktoré ho môže uznesením požiadať aj NR SR.
Podkladom pre zostavenie plánu kontrolnej činnosti sú informácie a poznatky získané pri výkone kontrolnej činnosti, podnety orgánov štátnej správy, samosprávy a občanov. Plán kontrolnej činnosti schvaľuje predseda NKÚ SR.
V rámci výkonu kontrolnej činnosti existujú tri základné typy kontrol: kontrola súladu, kontrola výkonnosti a finančná kontrola. Špecifickým typom kontroly je kontrola informačných systémov a forenzná kontrola.
Kontrolná akcia sa skladá z etáp predbežnej prípravy kontroly, výkonu kontroly a realizácie výsledkov kontroly.
Cieľom predbežnej prípravy kontroly je zhromažďovanie a analyzovanie základných informácií o kontrolovanom subjekte potrebných pre prípravu podkladov pre začatie kontroly. Základné informácie sa získavajú najmä z verejne dostupných informačných zdrojov, poznatkov z predchádzajúcich kontrol vykonaných NKÚ SR a ďalších zdrojov.